Parallel est l’histoire de Shinosuke Nekota et de Sakura Hoshino. Deux élèves qui depuis de nombreuses années se querelles. Nekota, fier représentant des garçons, est un farceur qui a milles astuces pour regarder en dessous des jupes des filles, ce qui lui vaut l’admiration de ses coéquipiers. Hoshino est le modèle des filles, elle est mature, responsable, elle fait tout pour rétablir le calme entre les conflits et les mauvaises blagues de Nekota.
Malgré leurs disputes, Shinosuke tombe amoureux de sa rivale. Un soir, alors qu’il rentre chez lui, son père l’attend pour lui annoncer une «grande» nouvelle. Il lui annonce qu’il a une nouvelle femme dans sa vie et qu’il a l’intention de se remarier. La femme en question se révèle être la mère d’Hoshino. Le nouveau couple annonce donc qu’ils partent en voyage et que Hoshino et Nekota devront, pour toute la durée de leur voyage, cohabiter ensemble.