Un magicien nommé Clow Reed, décida à l'aide de ses pouvoirs de crée l'existance de cartes qu'il appela «cartes de Clow.» Ces cartes n'étaient pas de simples cartes ordinaires. Elles cachaient un esprit particulier, avec un pouvoir, des facultés et des personnalités différentes. Le magicien ne s'arrêta pas là, il donna vie à deux gardiens chargé de jouer un rôle au sain de ses pécieuses cartes et tirant tout deux leur pouvoir des cartes de Clow.
L'histoire commence lorsque que l'on fait la connaissance de Sakura, des années après la mort de Clow Reed. Un soir, elle rentre chez elle et est attirée par des bruits venant de son sous-sol, qui est, à la fois, la bibliothèque de son père. Guidée par les bruits, elle découvre un mystérieux livre nommé le «Livre de Clow.» Sa curiosité la poussa à ouvrir le livre qui ne contenait que des cartes. Elle prit alors la première carte du paquet et prononça l'inscription. «Windy!» À ces mots, un violent souffle emplit la pièce de ses vents et les cartes s'envolèrent aux quatres coins de la ville.
Elle devient alors la nouvelle chasseuse de cartes et a pour mission de capturer l'esprit des énigmatiques cartes de Clow qui hantent désormais la ville de Tomoeda.